1行中的树脂也经常被重金属离子及其氧化物污染，其中常遇到的是铁的化合物。阴树脂被污染的可能性更大，这主要是因再生阴树脂的碱不纯，特别是由于液体碱中含有铁的化合物比较多而引起的。铁与大分子有机物生成络合物进入阴树脂网络，也会导致阴树脂受到污染。

阴树脂受铁污染颜色变黑，性能变坏，再生效率降低，再生剂用量与清洗水耗增加。受铁污染后的阴树脂一般也采用与阳树脂相同的酸洗办法进行处理。

值得说明的是，由于工业盐酸含铁量较高（可能以FeCl4-形态存在），当酸洗被铁污染的阴树脂时，不仅不能清洗出树脂中的铁，相反还会交换到该树脂上去。因此，酸洗被铁污染的阴树脂宜用化学纯的盐酸。

如果阴树脂既被有机物污染,又被铁离子及其氧化物污染,则应首先除去铁离子及其氧化物,而后再除去有机物。利用超声波清洗被污染的阴、阳离子交换脂是近年来应用的一项新技术。它是利用高频率的超声振动所起的空化作用，使树脂的各种污染受到松动、破坏，进而转入到水中被反洗水冲走。