由于铁路隧道工程管理的发展历程相对较短，技术手段较为落后，应用尚未成熟，存在着较多的问题。相关部门对铁路隧道工程管理的重视程度不够，使得大部分管理工作流于形式，没有实质的作为，资金投入与政策扶持力度较小，管理的基础设施不够完善，阻碍隧道工程管理的进程。铁路隧道工程管理体系不够完善，各项环节之间的联系不够紧密，缺乏协调性合作，导致监管秩序较为混乱，管理效果不明显。同时在地质勘查与施工设计方面，一些施工单位只看重眼前利益，急于求成，导致地质勘探工作处于应付状态，与实际情况有较大的出入，直接影响施工方案的设计水平，给隧道施工埋下隐患。而铁路隧道施工人员的专业素质普遍偏低，风险意识不高，在施工过程中思想存在松懈，容易产生操作上的失误，缺乏应对突发状况的解决能力，降低施工效率，严重阻碍隧道工程的进度。