牡丹根系发达，具有多数深根形的肉质主根和侧根。初生根始为白色，渐变为黄色至褐色，肉质白色，个别红色，肉质中心木质化，俗称“木心”。肉质部储有大量养份和水份供植株生长，一般来说，根深的植株枝叶茂盛，植株较高，根浅则枝短株型矮。牡丹因品种不同，其根型、数量也不一致，但大体上可分为三类：
直根型：此类型的根深（四年生的牡丹根可入土80厘米以上），但根条稀疏，没有明显的主根，仅有几十条粗细均匀的粗“面条根”，根光滑、皮百，根上极少分生小根，根（加青州市绿九州花卉苗木园艺场草花矮牵牛、天天开、垂吊牵牛、雏菊、夏堇、孔雀草、一串红、彩叶草、绣球、美人蕉、长春花、蓝花鼠尾草、四季海棠、五色草、非洲凤仙、红叶甜菜、羽衣甘蓝、金叶番薯、百日草、天竺葵、三色堇、角堇、大丽花、红花酢浆草、千日红、波斯菊、金盏菊、银叶菊、万寿菊、金鱼草、常春藤、

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工后称“丹皮”）产量高，质量好。如“凤丹”、“赵粉”、“二乔”、“墨魁”等。这类牡丹多为用兼观赏两用品种。
坡根型：此类根条粗细长短不一，分生侧根较多，交叉生长，俗称“鸡爪根”，多数入土较浅，斜坡角度大。如“青山贯雪”、“白玉”、“黄花葵”等品种，此类牡丹产丹皮质量、产量低于直根型，不适于用栽培。
中间型：此类根条稀密适中，无明显主根，生有多数粗细均称、根皮光滑的“面条根”，平均入土深度在70-80cm，如“种生黑”、“姚黄”等，既可观赏，又可用。

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