花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏病。
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。

播种：秋播在土壤封冻前，春播一般在3月中旬～4月上旬，地表10厘米处土温达到8～10℃时为宜。育苗地应施足基肥，深翻后整平做畦，灌透水。条播，行距20～25厘米，覆土厚1厘米，然后在畦面上覆盖薄薄一层草或塑料地膜，以保持畦面湿润，出苗后除去覆盖物。播种量每亩4～16公斤。
肥水管理：苗高4～5厘米时间苗，株距10～15厘米，6～7月间每亩施尿素10公斤，施后灌水，及时中耕除草，雨季注意排涝，一般当年苗高可达70～100厘米。合理施肥可以显著增产。基肥春施、秋施皆可，以秋季果实采收后施入 ，每株沟施圈肥或堆肥25公斤左右，注意肥、土混匀，施后灌水。
花椒种子一般于前一年8月中旬至10月上旬果实外皮全部呈紫红色，内种皮黑色时即可采收，之后经净种贮藏。春播多在3～4月份中旬，土壤解冻即进行播种为宜。每亩播种量为4～6公斤 ，覆土1厘米，然后覆草保持苗床湿润3～4天，出苗后揭去覆草。播种前为使播种苗出土早、苗齐、苗壮，在育苗前用3种不同方法可进行催芽。