经过处理的种子播种后一般在20天陆续出苗，为培育壮苗，必须加强管理。防止日灼。幼苗刚出时，如遇高温曝晒的天气，嫩芽先端易枯焦或幼苗被压弯，应及时将平铺地面的塑料膜改为小拱棚，并经常观测棚内温度变化，保持棚内温度不超过30c，湿度保持80%以上，当苗木大部分出土，应进行通风炼苗，逐渐撤掉塑膜。
间苗移苗。幼苗长到5―10cm时，要进行间苗定苗。为了培育壮苗，株距保持5cm左右，每亩定苗2―3万株。间苗后的幼苗，可连土移到缺苗的地方，也可移到别的苗床培育，移栽时间以幼苗3―5片真叶时为好。在移栽前2―3天进行灌水，以利挖苗保根，阴天或傍晚移栽可提高成活率。随采随播苗木，于次年春季萌芽后进行间苗定株，使苗距保持在5cm左右。
中耕除草：中耕可疏松土壤，减少蒸发、杂草，防止土壤板结，有利于苗木生长。在苗木生长期内应中耕3―4次，使苗圃地保持土壤疏松无杂草。

播种：秋播在土壤封冻前，春播一般在3月中旬～4月上旬，地表10厘米处土温达到8～10℃时为宜。育苗地应施足基肥，深翻后整平做畦，灌透水。条播，行距20～25厘米，覆土厚1厘米，然后在畦面上覆盖薄薄一层草或塑料地膜，以保持畦面湿润，出苗后除去覆盖物。播种量每亩4～16公斤。
肥水管理：苗高4～5厘米时间苗，株距10～15厘米，6～7月间每亩施尿素10公斤，施后灌水，及时中耕除草，雨季注意排涝，一般当年苗高可达70～100厘米。合理施肥可以显著增产。基肥春施、秋施皆可，以秋季果实采收后施入 ，每株沟施圈肥或堆肥25公斤左右，注意肥、土混匀，施后灌水。
花椒种子一般于前一年8月中旬至10月上旬果实外皮全部呈紫红色，内种皮黑色时即可采收，之后经净种贮藏。春播多在3～4月份中旬，土壤解冻即进行播种为宜。每亩播种量为4～6公斤 ，覆土1厘米，然后覆草保持苗床湿润3～4天，出苗后揭去覆草。播种前为使播种苗出土早、苗齐、苗壮，在育苗前用3种不同方法可进行催芽。