经过处理的种子播种后一般在20天陆续出苗，为培育壮苗，必须加强管理。防止日灼。幼苗刚出时，如遇高温曝晒的天气，嫩芽先端易枯焦或幼苗被压弯，应及时将平铺地面的塑料膜改为小拱棚，并经常观测棚内温度变化，保持棚内温度不超过30c，湿度保持80%以上，当苗木大部分出土，应进行通风炼苗，逐渐撤掉塑膜。
间苗移苗。幼苗长到5―10cm时，要进行间苗定苗。为了培育壮苗，株距保持5cm左右，每亩定苗2―3万株。间苗后的幼苗，可连土移到缺苗的地方，也可移到别的苗床培育，移栽时间以幼苗3―5片真叶时为好。在移栽前2―3天进行灌水，以利挖苗保根，阴天或傍晚移栽可提高成活率。随采随播苗木，于次年春季萌芽后进行间苗定株，使苗距保持在5cm左右。
中耕除草：中耕可疏松土壤，减少蒸发、杂草，防止土壤板结，有利于苗木生长。在苗木生长期内应中耕3―4次，使苗圃地保持土壤疏松无杂草。

花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏病。
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。